Das Presbyterium leitet die Gemeinde. Die ehrenamtlichen Mitglieder werden von den wahlberechtigten Gemeindegliedern für eine Amtszeit von vier Jahren gewählt. Außer den gewählten Mitgliedern gehören auch die Inhaber oder Inhaberinnen der Pfarrstellen zum Presbyterium (Interprofessionelles Team).

Das Presbyterium wählt aus seiner Mitte den Vorsitzenden oder die Vorsitzende sowie seine oder ihre Stellvertretung. Es kann Ausschüsse zu bestimmten Aufgabenbereichen bilden und es bestimmt Mitglieder für bestimmte Funktionen wie Kirchmeister oder Kirchmeisterin. Gemäß dem Aufbau der Landeskirche von den Gemeinden her legt es auch fest, wer für die Evangelische Kirchengemeinde Werne in die Synode des Kirchenkreises Hamm entsandt wird.

Scheiden Mitglieder des Presbyteriums während ihrer Amtszeit aus, kann das Presbyterium auf die frei gewordenen Stellen einzelne Mitglieder nachberufen, ohne dass eine Wahl durch die Gemeinde erforderlich ist.